W ramach terenów przyrodniczych objętych ochroną prawną, na obszarze gminy Czechowice-Dziedzice znajduje się rezerwat przyrody ROTUZ oraz obszar NATURA 2000 PLB240001 DOLINA GÓRNEJ WISŁY. Ponadto, w bezpośrednim sąsiedztwie gminy znajduje się obszar NATURA 2000 PLH 240039 Zbiornik Goczałkowicki – Ujście Wisły i Bajerki.
Rezerwat przyrody ROTUZ, rozciągający się na pograniczu gmin Czechowice-Dziedzice (10,4 ha) i Chybie, to jedyny na terenie województwa śląskiego rezerwat torfowiskowy. Jest ostoją gatunku zagrożonego w Polsce – turzycy bagiennej. Rezerwat ma charakter torfowiska niskiego i przejściowego i ma wysokie walory naukowe, przyrodnicze i krajobrazowe, unikatowe w skali województwa i kraju. Występują tu m.in. rzadkie gatunki roślin naczyniowych, takie jak m.in. rosiczka okrągłolistna, żurawina błotna czy rzadkie mszaki. Jest to rezerwat ścisły – obowiązuje zakaz wstępu.
Rezerwat został utworzony w 1967 r. na mocy Zarządzenia Ministra Leśnictwa i Przemysłu Drzewnego z 30.12.1966 r. (MP Nr 10/67, poz. 54) i Rozporządzenia Wojewody Śląskiego z 2005 r. (Dz. Urz. Nr 4, poz. 68). Powierzchnia rezerwatu liczy 40,63 ha a jego otulina 136,29 ha, z czego 10,4 ha oraz 89,2 ha otuliny znajduje się na terenie gminy Czechowice-Dziedzice. Do ważniejszych zbiorowisk roślinnych obszaru rezerwatu należą: zespół mszaru kępowo-dolinkowego Sphagnetum magellanici, mszar przygiełkowy Rhynchosporetum albae, pło mszarno-wełniankowe Eriophoro angustifolii-Sphagnetum recurvi, zbiorowisko Carex rostrata – Sphagnum Falla, ols torfowcowy Sphagno squarrosi-Alnetum, śródlądowy bór wilgotny Molinio-Pinetum, bagienny bór trzcinnikowy Calamagrostio villosae-Pinetum. Najcenniejszym zbiorowiskiem jest mszar, tworzony przez torfowce i mchy, z obfitym udziałem krzewinek i roślin o trawiastej fizjonomii. Otulinę rezerwatu dla ochrony unikatowych zbiorowisk torfowiskowych i bagiennych rezerwatu tworzą bory: bór wilgotny oraz bagienny (podgórski) bór trzcinnikowy. Fauna rezerwatu liczy kilkanaście gatunków zwierząt bezkręgowych, głównie owadów oraz pająków związanych ze zbiorowiskami borowymi, jak również gatunków typowych dla terenów otwartych. Z kręgowców stosunkowo licznie występują żaby z grupy zielonych. Gady na tym obszarze reprezentuje zaskroniec zwyczajny, żmija zygzakowata, padalec oraz nieliczna jaszczurka żyworodna. Rezerwat jak i jego otoczenie to także miejsce gniazdowania i żerowania ptaków śpiewających, m.in. pełzacza leśnego, kowalika, czarnogłówkę, bogatkę, modraszkę, sosnówkę, świstunkę, rudzika, sójkę oraz kosa. Zalatuje tu także dzięcioł duży. Obserwowano samce słonki. Spotkać tu można także jastrzębia, krogulca, nierzadko zalatują kruki. Stwierdzono również obecność żurawia. Na torfowisku żyją ssaki owadożerne i gryzonie. Do pierwszej grupy zaliczyć można ryjówkę aksamitną, zaś do drugiej nornika zwyczajnego, mysz leśną, mysz polną oraz nornicę rudą. Czasami spotkać tu można wiewiórkę. Stosunkowo często zachodzą tu duże ssaki parzystokopytne, jak dzik, jeleń, sarna oraz gatunki drapieżne lis czy kuny leśne oraz jenoty.
W 2019 roku przy ulicy Pszczelarskiej w Bronowie, w pobliżu rezerwatu, usytuowano tablicę informacyjną, na której umieszczono ważniejsze informacje dotyczące historii powstania rezerwatu, powierzchni oraz opis tutejszej chronionej fauny i flory.
Obszar Natura 2000 PLB240001 Dolina Górnej Wisły to Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków Natura 2000 o powierzchni 24 740,2 ha. Obejmuje fragmenty gmin Czechowice-Dziedzice, Jasienica, Goczałkowice-Zdrój, Pszczyna, Chybie, Skoczów, Dębowiec i Strumień, a jego obszar obejmuje Zbiornik Goczałkowicki i przyległe stawy hodowlane. Zbiornik Goczałkowicki jest zbiornikiem wody pitnej i jest on wyłączony z masowej rekreacji (kąpiel, sporty wodne), a uprawianie wędkarstwa jest tu możliwe w ograniczonym zakresie.
Część lądowo-bagienna ostoi, zajmująca około 50% jej powierzchni, pokryta jest zaroślami wierzbowymi, wilgotnymi borami trzcinnikowymi i łęgami przystrumykowymi oraz roślinnością szuwarową i zbiorowiskami łąkowymi. Zachodnia zatoka zbiornika, do której uchodzi Wisła, jest wypłycona, a poziom wód podlega silnym wahaniom sezonowym. Na stawach prowadzona jest intensywna hodowla karpia, a jesienią odbywają się polowania. Łącznie na terenie ostoi zidentyfikowano 29 gatunków ptaków wymienionych w Załączniku I Dyrektywy Ptasiej, m.in. są to gatunki lęgowe w ilości przekraczającej 1% wielkości populacji krajowej: bączek (PCK), bąk (PCK), dzierzba czarnoczelna (PCK), mewa czarnogłowa, rybitwa białowąsa (PCK), rybitwa rzeczna, rybitwa czarna, szablodziób, ślepowron (PCK), cyranka, czernica, kokoszka, krakwa, krwawodziób, perkoz dwuczuby, płaskonos, sieweczka rzeczna, śmieszka, zausznik. W wysokim zagęszczeniu występują: bocian biały, muchołówka białoszyja, krzyżówka, głowienka, łyska, perkozek. W okresie wędrówek występuje co najmniej 1% populacji szlaku wędrówkowego perkoz dwuczuby, czapli białej i płaskonosa.
Zagrożeniem dla obszaru jest zaniechanie lub zmiana użytkowania stawów hodowlanych, likwidacja wysp i szuwarów na stawach. Sprawujący nadzór nad obszarem: Regionalny Dyrektor Ochrony Środowiska w Katowicach. Dla obszaru w 2013 r. ustanowiono plan zadań ochronnych – Zarządzenie nr 37/2013 Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Katowicach z dnia 31 grudnia 2013 r. w sprawie ustanowienia planu zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000 Dolina Górnej Wisły PLB240001. Plan ustala przewidziane działania ochronne dla każdego z występujących na danym obszarze gatunku ptactwa, a także określa szczegółowo zakres prac, miejsce realizacji, termin wykonania, szacunkowe koszty i termin odpowiedzialny za wykonanie przewidzianych w planie zadań.
Zgodnie z zapisami planu na terenie ostoi nie przewiduje się znaczących ograniczeń działalności związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej, rolnej, leśnej, łowieckiej czy rybackiej pod warunkiem, że nie zagraża ona zachowaniu siedlisk przyrodniczych i nie wpływa w sposób istotnie negatywny na gatunki roślin i zwierząt, dla których ochrony został wyznaczony. Likwidacja, zmiana użytkowania lub likwidacja wysp i szuwarów na stawach hodowlanych może stanowić zagrożenie dla populacji ptaków. Natomiast ekstensyfikacja użytkowania gruntów rolnych (m.in. ograniczenie nawożenia, stosowania chemicznych środków ochrony roślin, utrzymywanie i wzmacnianie obudowy biologicznej cieków i rowów melioracyjnych) jest działaniem sprzyjającym ochronie występującego na danym terenie ptactwa. Do działań obligatoryjnych dotyczących ochrony czynnej siedlisk przyrodniczych, gatunków roślin i zwierząt oraz ich siedlisk należą m.in. stosowanie tradycyjnych metod chowu i hodowli ryb w ziemnych stawach typu karpiowego zgodnie z zapisami pozwoleń wodno prawnych oraz zachowanie siedlisk gatunków stanowiących przedmioty ochrony w obszarze (dotyczy wszystkich stawów w obszarze).
Obszar Natura 2000 PLH240039 – Ujście Wisły i Bajerki znajduje się w bezpośrednim sąsiedztwie Gminy Czechowice-Dziedzice. W skład obszaru wchodzi południowo-zachodnia część Zbiornika Goczałkowickiego z odcinkami uchodzących do niego rzek Wisły i Bajerki, a także tereny bezpośrednio przylegające do tej części zbiornika. Obszar ostoi stanowi ważne miejsce występowania gatunków zwierząt związanych ze środowiskiem wodnym i wodno-lądowym, wymienionych w Załączniku II Dyrektywy Siedliskowej. Stwierdzono tu stałą populację piskorza, która wykorzystuje zarówno zbiornik jak i przyujściowe rozlewiska i starorzecza Wisły i Bajerki. Poza kumakiem nizinnym spotykane są także inne gatunki płazów rzadkich i zagrożonych w skali kraju np. traszkę grzebieniastą. Obszar stanowi także dogodne siedlisko dla wydry. Do cennych walorów przyrodniczych tego terenu zaliczyć należy fitocenozy z masowym udziałem salwinii pływającej i żabiścieku pływającego oraz bardzo liczne występowanie ptaków wodno-błotnych.
